南京海昌中药集团为南京中医药大学与南京高新技术经济开发总公司合作，于2008年6月，在南京国家级高新技术产业开发区内成立的，以现代中药饮片、中成药及其设备的研发、生产与制造为核心内容的产、学、研紧密结合的高新技术企业。公司注册资金为1亿元人民币，是现代中药的产、学、研联合示范工程。集团主要研发、生产按现代规范加工炮制的中药饮片、中成药、中药饮片加工炮制器械、提取分离设备等。集团拥有南京海昌中药集团研究院以及南京海源中药饮片有限公司、江苏海昇药业有限公司、杭州海善制药设备有限公司3家子公司。

南京海昌中药集团是南京中医药大学中药学国家一级重点学科人才培育的创新创业载体，是国家教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心、国家科技部中药饮片质量标准研究平台及国家中医药管理局中药炮制及饮片标准重点研究室的产业化基地、国家标准化管理委员会全国中药炮制机械标准化分技术委员会依托单位，也是江苏省中药（饮片）规范化及产业化工程研究中心和江苏省产、学、研示范基地。

南京海昌中药集团面向新兴的现代中药产业，正在从绿色中药材GAP基地建设，中药材及饮片产地加工炮制、中药炮制设备的智能化开发、现代中药饮片的研制，原创中药新药的研发等产业链的多个层面展开全面攻关，旨在建立优质标准中药饮片的生产体系、饮片质量标准评价体系及现代中成药的创新体系；进一步完善中药材及饮片产地加工炮制一体化设备、中药提取分离设备、高等院校和科研院所实验及中试的器械设备等，构建现代中药质量控制的技术高地，生产国内外一流的标准中药饮片和现代中成药，争创产、学、研一体化的特色中药企业。

2021年获“江苏省优秀研究生工作站”和南京市博士后创新实践基地称号；主持开发的成套产品“智能化中药饮片炮制设备及其信息化管理系统”荣获国家科技部等4部委的“国家级重点新产品”，填补了国内外该领域的空白。企业与中国医药物资协会发起创建“名医、名药、名店、名馆”的品牌活动，成立了“优质中药饮片产供销平台”，让广大患者用上优质中药饮片产品。“优质中药饮片”产品先后被认定为“南京市生物医药新产品”、“江苏省重点推广的新产品新技术”以及“江苏省高新技术产品”，产生了显著的社会效益和经济效益。