蔡宝昌教授认为中药饮片质量标准研究和中药炮制工艺的研究是整个中药炮制学科、中药饮片产业健康发展的压舱石，但这两方面的研究，均需建立在中药炮制机理研究的基础上。

传统的中药炮制方法是我们祖先留下的宝贵遗产，在中药炮制机理的研究过程中，既要“继往”，也要“开来”，要重视对传统文献的研究，首先从历史上正本清源，明确其原始意图，以及后续演变，继而结合循证医学的方法，在中医临床验证那些效果有目共睹的古老炮制方法、炮制品种，在此基础上，采用现代的技术和方法，明确作用的环节，阐明作用的机制。如通过对马钱子的炮制历史沿革研究过程中，发现传统的炮制方法，多为砂炒、油炸等高温加热的方法，因此推测其解毒的机理与炮制温度密切相关，进而利用现在成分分析的方法，发现其炮制机理主要是马钱子中的士的宁及马钱子碱等生物碱在高温下氧化分解，转变为它们的异型结构和氮氧化物，转化成的生物碱毒性小，并且保留或增强了某些生物活性，从而降低了毒性，并在此基础上建立了相应的分析方法。在开展山茱萸炮制机理研究过程中，抓住传统文献和临床验证的蒸制后补益肝肾的作用明显增强，发现山茱萸在炮制过程中发生了降解及脱水反应，从而引起了其中多糖结构及组成发生改变，并且得到了使山茱萸在炮制后补益肝肾作用增强的物质基础。

古代炮制学专著《修事指南》中有这样一句话：炮制不明，药性不确，则汤方无准，而病症不验也，充分体现了饮片质量对临床疗效的重要性。中药饮片质量的标准化是中医临床疗效的保证，也是中药实现现代化和国际化的前提，因此，蔡宝昌教授长期致力于中药饮片质量标准的研究，制定了诸如醋五味子、盐杜仲等大量饮片的质量标准，推广了整体性评价中药饮片质量的指纹图谱技术，推动了《中国药典》中饮片质量标准单列等大量的工作。但他认为中药饮片的质量标准研究仍存在许多问题，并做出了相应的思考。首先，如何将中药饮片质量标准与传统炮制理论相结合。如黄连用吴茱萸汁制后，其苦寒之性降低，而用胆汁制黄连，其苦寒之性增加，在建立黄连的质量标准时就要充分考虑其传统炮制理论。想要建立符合传统炮制理论的中药饮片质量标准，就需要深入了解炮制的历史沿革，并结合现代科学技术，建立更加合理的中药饮片质量标准。其次，如何将中药饮片质量标准与炮制机理研究相结合。中药饮片经过炮制后，其中化学成分的结构及组成发生了改变，从而使其药性及临床疗效发生改变。只有在明确炮制机理的基础上，才能制定出更加符合实际情况的中药饮片质量标准。再次，如何将中药饮片质量标准与药效物质研究相结合。药效最能体现出药物质量优劣，蔡宝昌教授的实验室对部分中药饮片效应物质基础进行研究，并建立了相应的标准。如山茱萸酒蒸后补益肝肾的作用增强，山茱萸经过炮制其颜色由红色变为黑色，推测可能是环烯醚萜苷发生水解和氧化。研究发现炮制后含量增加的5-羟甲基糠醛对肝细胞具有保护作用，因此选择5-羟甲基糠醛等一些成分作为山茱萸饮片的质量控制指标，建立了更加全面的山茱萸饮片质量标准。

明代陈嘉谟在《本草蒙筌》中记载：凡药制造，贵在适中，不及则功效难求，太过则气味反失，体现了炮制程度的重要性，炮制工艺决定中药饮片质量的优劣，只有建立规范的炮制工艺，才能保证中药饮片的质量。对于炮制工艺的研究，更需要在继承先人宝贵经验的基础上开拓创新，因为现代的炮制生产，不同于传统的作坊式生产模式，均需在现代化工业生产车间完成，只有优化符合现代工业的炮制工艺，才能生产出质量可靠的饮片。蔡宝昌教授提出目前中药饮片炮制工艺仍存在一些问题。包括原药材等级规格差异导致炮制工艺难以统一、评价指标不同导致炮制工艺参数存在显著差异、炮制设备性能差异导致工艺参数有差异、炮制程度的不同导致无法确定相应的工艺参数、生产批量不同而使工艺参数不同，以及临床用药的不同导致工艺改变。针对这些问题要传承并创新特色炮制工艺，在炮制机理上优选中药炮制工艺，应用智能化和信息化技术及设备来满足现代饮片工业化生产的要求，并且推动产地加工与饮片生产一体化，降低中药饮片有效成分的损失。想要生产优质的中药饮片，就必须建立稳定、可控、全程可追溯的炮制工艺体系。