指纹图谱是以各种光谱、波谱、色谱等技术为依托的又一种质量控制模式。指纹图谱不强调个体的绝对唯一性 (个体特异性) , 而强调同一药材群体的相似性, 即物种群体内的唯一性 (共有特征性) 。与传统质量控制模式的区别在于:指纹图谱是综合地看问题, 也就是强调化学谱图的“完整面貌”即整体性, 反映的质量信息是综合的。由于植物药的次生代谢产物, 即各种化学成分天然潜在的不稳定性, 如同日常许多模糊现象一样, 它的化学指纹图谱具有无法精密度量的模糊性。“整体性”和“模糊性”是指纹图谱的基本属性, 指纹图谱的相似性是通过其基本属性来体现。指纹图谱分析强调准确的辨认, 而不是精密的计算, 比较图谱强调的是相似, 而不是相同。在不可能将中药复杂成分都搞清楚的情况, 指纹图谱的作用是反映复杂成分的中药内在质量的均一性和稳定性。

随着现代分析技术的发展, 中药质量研究也由过去的“四大鉴别” (基原鉴别、性状鉴别、显微鉴别、理化鉴别) 发展到能反映中药材全貌的指纹图谱鉴别体系。随着世界各国对天然药物的了解和研究的不断深入, 指纹图谱技术在国内外已成为一种发展趋势, 其研究方法和技术更趋成熟完善, 成为国际公认的控制中药和天然药物质量最有效方法和手段。随着指纹图谱研究的不断深入, 最终将建立相对成熟的中药质量评价体系。虽然中药指纹图谱研究技术和手段多种多样, 但没有完整的指纹图谱查询系统, 将数据库管理技术引入到中药指纹图谱研究中, 可以科学地管理现有数据, 扩大对整理数据的共享范围, 能够为分析工作者提供某种较为全面和详细的样品信息, 提高工作效率, 使整个中药质量控制变得完整和全面。

团队在国内较早系统开展中药指纹图谱技术在中药饮片质量控制方面的运用研究，构建起了药材-饮片-制剂质量过程控制示范应用模式，建立了临床常用400 多味中药材及饮片的特征图谱或指纹图谱库，对于打造优质中药饮片品牌具有重要意义。主编的《常用中药材HPLC指纹图谱测定技术》出版后，英文版于2012年由新加坡世界科学出版有限公司向全世界发行，在行业内产生了一定影响，并获得江苏省科技进步奖二等奖。当然，这项技术还停留在高等院校和研究单位，要迅速把它推向企业的实际工作当中去，转化成标准才能更好的促进中药的标准化。