本中心联合共建单位是南京海昌中药集团有限公司。南京海昌中药集团为南京中医药大学科技人员蔡宝昌教授牵头，于2008年6月在南京国家级高新技术产业开发区内成立的，以生产中药饮片、中成药及中药制药设备为一体的产、学、研紧密结合的科技型企业。公司为“国家中药现代化科技产业（江苏）基地”，是国家中医药管理局中药炮制标准重点研究室的产业化基地，还是江苏省中药（饮片）规范化及产业化工程研究中心、江苏省中药现代化产学研联合培养研究生示范基地。集团形成了较为完整的现代中药产业链。近年来，海昌中药集团先后获得了国家教育部科学技术进步一等奖、江苏医药科技进步一等奖、中国产学研合作创新成果奖一等奖等科技奖励6项；先后被评为“工信部两化融合管理体系评定单位”、“知识产权管理体系认证单位”、“南京市博士后创新实践基地”。